1.饮食因素
　　饮食可使粪便菌丛发生明显改变无纤维食物促进细菌易位。纤维能维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学。食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。
　　2.菌丛的变化因素
　　菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定。

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每个菌种的生态学地位由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定。

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　　3.药物的代谢因素
　　任何抗生素都可导致肠道菌丛的改变，氯林可霉素和氨苄青霉素等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻。
　　4.年龄因素
　　随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双歧杆菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制。
　　5.胃肠道免疫功能障碍
　　胃肠道免疫功能障碍，可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。新生儿期菌群失调发生率较高，可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。